Научные исследования в университете проводятся по федеральным целевым, отраслевым и ведомственным научным программам, международным грантам, грантам Российского гуманитарного научного фонда, Российского фонда фундаментальных исследований и в рамках инициативных НИР.
Для достижения мирового уровня научных исследований и разработок в 2008 году был создан Центр коллективного пользования (ЦКП) «Прогресс», оснащенный современным оборудованием для проведения исследований в области машиностроения, электроники, геологии, строительства, экологии, криминалистики, фармацевтики и медицины. ЦКП «Прогресс» решает сегодня одну из важных задач – обеспечение возможности проведения исследований самому широкому кругу ученых, исследователей и специалистов региона. Ежегодно на базе ЦКП проводятся региональные научные семинары по современным инструментальным многофункциональным методам исследования с привлечением ведущих специалистов для представителей вузов, научных организаций, промышленных предприятий, экспертных организаций и др.
Значительный объем НИР выполняется в виде научно-исследовательских и опытно-конструкторских работ (НИОКР) в рамках хозяйственных договоров, заключаемых с предприятиями и организациями. С развитием инновационной деятельности университета в 2011 году создан Инновационный центр (ИнноЦентр). Созданная научная и инновационная инфраструктура вуза обеспечивает завершенный инновационный цикл: «НИР–НИОКР–результат интеллектуальной деятельности –инновационный проект – инновационный продукт (технология)».
Для практического применения (внедрения) результатов интеллектуальной деятельности (РИД) в университете был создан инновационный пояс из 12 учебно-научно-производственных комплексов (УНПК) и 9 малых инновационных предприятий (МИП). Кроме того, осуществляется передача РИД по лицензионным договорам организациям и предприятиям.