Планово-финансовое управление (ПФУ) является структурным подразделением университета, в настоящее время непосредственно подчиняется проректору по экономике и инвестиционной деятельности.
В 1972 году с целью осуществления финансово-экономического планирования, анализа, прогнозирования, контроля над поступлением и расходованием средств, необходимых для обеспечения уставной деятельности в университете был создан Планово-финансовый отдел. С момента создания до 1985 года Планово-финансовым отделом руководила Анастасия Васильевна Тищенко. В период с 1985 по 2007 год начальником Планово-финансового отдела являлась Энгельсина Филипповна Халанова.
В 2007 году на базе Планово-финансового отдела было создано Планово-финансовое управление. Организационная структура управления включала в себя три отдела: отдел планирования и финансирования, экономический отдел и отдел управления имущественным комплексом. В 2007 году управление возглавил Доржи Дамдинович Дамдинов. В 2017 году на должность начальника ПФУ назначен Павел Викторович Худяев.